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O acusado na Inquisição era responsabilizado por uma "crise de fé", pela qual poderia, ou não, ter relação com fenômenos naturais como pestes, terremotos, doenças e miséria social. Ele era então preso e entregue às autoridades estatais para ser punido. As penas variavam de confisco de bens à pena de morte na fogueira. O uso do fogo foi o modo de punição mais famoso, embora outros meios fossem utilizados. Essas punições tinham um significado religioso, já que o fogo era o símbolo da purificação e materialização da desobediência a Deus, ou seja, do pecado e ilustração da imagem do inferno.
As punições com fogo também envolviam autores de livros polêmicos. Em 1756, em Londres, por exemplo, há o registro do que teria sido levado à execução um Cavaleiro de Oliveira, na verdade o escritor português Francisco Xavier de Oliveira (1702-1783): a publicação da obra Discours pathetéque ou suget des calamites, publicado naquela cidade. Há duas versões para essa execução: em uma delas, o cavaleiro foi queimado com o livro suspenso ao pescoço como herege convicto. Na segunda, o livro foi colocado em uma estátua do escritor e então queimada.
É importante lembrar, entretanto, que os tribunais da Inquisição não eram permanentes, e sim entravam em funcionamento em casos de heresia comprovada e depois eram desativados. Quando houve a Reforma Protestante, no século XVI, foram instituídos outros métodos judiciários de combate à heresia. Neles o delator que apontava um herege garantia sua própria fé em público e sua condição perante a sociedade. Basta lembrar que a caça às bruxas teve origem em países protestantes e não foi liderada pela Inquisição.
Outro ponto que deve ficar claro é que a Inquisição apenas fazia as investigações e inquéritos, deixando a aplicação da pena final para o poder secular. Aos poucos, a partir do século XIX, os tribunais inquisitórios foram suprimidos pelos estados europeus, embora fossem mantidos pelo Estado Pontifício, hoje a cidade-estado do Vaticano.
A partir de 1908, no pontificado de Pio X (1835-1914), a Inquisição ganhou a nova denominação de Sacra Congregação do Santo Ofício e, em 1965, quando aconteceu o Concilio Vaticano II, assumiu o nome que tem hoje: Congregação para a Doutrina da Fé.

(Sérgio Pereira Couto - "Os arquivos secretos do Vaticano")