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O último e o mais famoso dos primeiros filósofos jónios foi Heraclito, que viveu no princípio do século V na grande metrópole de Éfeso, onde mais tarde S. Paulo viria a pregar, a residir e a ser perseguido. A cidade, quer no tempo de Heraclito quer no tempo de S. Paulo, era dominada pelo grande templo da deusa da fertilidade, Artemisa. Heraclito denunciou o culto praticado no templo: rezar a estátuas era como sussurrar mexericos a uma casa vazia, e oferecer sacrifícios para nos purificarmos do pecado era como tentar lavar a lama com lama. Visitava o templo de tempos a tempos, mas só para jogar aos dados com as crianças dali — uma companhia muito melhor do que a dos políticos, dizia, recusando-se a desempenhar qualquer papel na política da cidade. Foi também no templo de Artemisa que Heraclito depositou o seu tratado em três tomos sobre filosofia e política, uma obra, hoje perdida, notoriamente difícil — tão enigmática que algumas pessoas a tomaram como um texto de física e outras como um tratado político. («O que dela consigo compreender é excelente», disse Sócrates mais tarde, «o que não consigo compreender pode muito bem ser também excelente; mas só um mergulhador do mar alto poderá chegar- lhe ao fundo.»)
Nesse livro Heraclito falava de uma grande Palavra, ou Logos, sempre subsistente e de acordo com a qual todas as coisas se originam. Escrevia de modo paradoxal, afirmando que o universo é simultaneamente divisível e indivisível, gerado e não gerado, mortal e imortal, Palavra e Eternidade, Pai e Filho, Deus e Justiça. Não admira que toda a gente, como ele se queixava, achasse o seu Logos consideravelmente incompreensível.
Se Xenófanes, com o seu estilo de argumentação, era semelhante aos filósofos profissionais modernos, Heraclito estava muito mais de acordo com a ideia popular moderna do filósofo como guru. Heraclito não tinha senão desprezo pelos seus predecessores filosóficos. Muito estudo, dizia, não nos ensina a ser homens sensatos; caso contrário, teria feito de Hesíodo, Pitágoras e Xenófanes homens sensatos. Heraclito não argumentava, proferia: era um mestre das máximas fecundas de ar profundo e sentido obscuro. O seu estilo délfico era talvez uma imitação do oráculo de Apolo que, nas suas próprias palavras, «nem fala, nem esconde, mas manifesta-se por sinais». Os seguintes adágios contam-se entre os mais bem conhecidos de Heraclito:

O caminho a subir e a descer é um e o mesmo.
A harmonia oculta é melhor do que a manifesta.
A guerra é pai de todos e de todos é soberana; a uns apresenta-os como deuses e a outros como homens; de uns ela faz escravos, de outros homens livres.
Uma alma seca é mais sábia e melhor.
Para as almas, tornar-se água é a morte.
Um ébrio é um homem conduzido por um rapaz.
Os deuses são mortais, os seres humanos imortais, vivendo a sua morte, morrendo a sua vida.
A alma é uma aranha e o corpo é a sua teia.

Heraclito explicava assim a última observação: tal como uma aranha, no meio de uma teia, se dá conta assim que uma mosca quebra um dos seus fios e de longe se precipita como se estivesse em aflição, também a alma humana, se alguma parte do corpo está magoado, se precipita imediatamente para aí, como se não conseguisse suportar a injúria. Mas, se a alma é uma aranha diligente, também é, segundo Heraclito, uma centelha da substância das ígneas estrelas.
Na cosmologia de Heraclito, o fogo desempenha o papel que a água tinha em Tales e o ar em Anaxímenes. O mundo é um fogo sempre ardente: todas as coisas vêm do fogo e vão para o fogo; «todas as coisas se podem trocar pelo fogo, como os bens se trocam por ouro e o ouro por bens». Há um caminho descendente, no qual o fogo se transforma em água e a água em terra, e um caminho ascendente, no qual a terra se transforma em água, a água em ar e o ar em fogo. A morte da terra é tornar-se água, a morte da água é tornar-se ar e a morte do ar é tornar-se fogo. Há um único mundo, o mesmo para todos, e não foi Deus nem o homem que o fizeram; sempre existiu e sempre existirá,
passando, de acordo com ciclos determinados pelo destino, por uma fase de inflamação, que é a guerra, e uma de combustão, que é a paz.
A visão de Heraclito da transmutação dos elementos num fogo sempre ardente conquistou a imaginação dos poetas até aos nossos dias. T. S. Eliot, em Quatro Quartetos, decidiu glosar a afirmação de Heraclito de que a água era a morte da terra:

Há inundação e seca
Por sobre os olhos e na boca,
Águas mortas e mortos areais
Que pela primazia guerreais.
O solo, ressequido e desventrado,
Fica de boca aberta pelo labor anulado
E ri-se sem alegria nesse exercício
— Que é da terra o final exício.

Gerard Manley Hopkins escreveu um poema intitulado «Que a Natureza é um Fogo Heracliteano», repleto de imagens provenientes de Heraclito:

Milhões atestados, consome-se a grande fogueira da natureza.
Mas extinto o mais formoso e mais querido, a centelha mais sua,
O homem, e o éctipo de fogo deste, a sua presença no espírito, desaparece
ligeiro!
Ambos estão num insondável, tudo está num sombrio enorme
Submergido. Oh! mágoa e indignação! Aparição humana, que refulgiu
Desapareceu, disjungida, uma estrela, a morte invade com o oblívio...

Perante esta situação, Hopkins busca conforto na promessa de uma ressurreição final — uma doutrina cristã, claro, mas uma doutrina que conhece a sua antecipação numa passagem de Heraclito que fala de seres humanos que regressam e se tornam guardiães vigilantes dos vivos e dos mortos. «O fogo», disse Heraclito, «virá e julgará e condenará todas as coisas.»
O aspecto dos ensinamentos de Heraclito que mais impressionou os filósofos no mundo antigo não foi tanto a visão do mundo como uma fogueira, mas antes o corolário segundo o qual tudo no mundo estava num estado de constante mudança e fluxo. Tudo passa, disse Heraclito, e nada permanece; o mundo é como um curso de água corrente. As águas que vemos perante nós, nas margens de um rio, não são as mesmas em dois momentos distintos, e não podemos banhar os nossos pés duas vezes nas mesmas águas. Até aqui, tudo bem; mas Heraclito foi mais longe e afirmou que nem sequer podemos entrar duas vezes no mesmo rio. Isto parece falso, quer seja tomado literalmente, quer seja tomado alegoricamente; mas, como veremos, esta ideia foi extremamente influente na filosofia grega posterior.


(Anthony Kenny - História Concisa da Filosofia Ocidental)

Uma das funções da filosofia é analisar os fundamentos da ciência. O próprio cientista já está na verdade colocando questões propriamente filosóficas quando se pergunta em que consiste o conhecimento cientifico, qual o seu alcance, qual a validade do método que utiliza e qual é sua responsabilidade no que se refere às conseqüências das descobertas. Por isso é importante que o cientista se disponha a filosofar, a fim de investigar os pressupostos e as implicações do seu saber. Além disso, a filosofia busca recuperar a visão de totalidade, perdida diante da multiplicação das ciências particulares e da valorização do mundo dos "especialistas". É a filosofia que, diante do saber e do poder, avalia se estes estão a serviço do homem ou contra ele, isto é, se servem para seu crescimento espiritual ou se o degradam, se contribuem para a liberdade ou para a dominação. O sono da razão desperta monstros (1799), de Francisco de Goya. A razão precisa estar desperta para identificar se os fins da ciência e da técnica estão a serviço da humanização ou da alienação. Assim, é preciso questionar a ideologia do progresso que justifica as ilusões e preconceitos do homem "civilizado" por este se julgar superior a qualquer outro. Não é em nome do progresso que as tribos indígenas têm sido sistematicamente expulsas dos seus territórios? E não seria o caso de perguntar quais são os valores do homem "urbano e civilizado" que é individualista, sofre de solidão e tem sido vítima dos descontroles do progresso, como a poluição ambiental? Diante de tais questões, não há como sustentar a neutralidade da ciência. A bomba atômica não pode ser considerada apenas como resultado do saber sobre a energia atômica, nem como simples técnica de produzir explosão. Trata-se de um saber e de uma técnica que dizem respeito à vida e à morte de seres humanos. Como tal, cabe ao cientista a responsabilidade social de indagar a respeito dos fins a que se destinam suas descobertas. E não é possível alegar isenção, uma vez que a produção científica não se realiza fora de um determinado contexto social e político cujos objetivos a serem alcançados estão claramente definidos. As altas cifras necessárias ao encaminhamento das pesquisas supõem o apoio financeiro das instituições públicas e privadas, que evidentemente subvencionam os trabalhos que mais lhes interessam. Pode-se falar que, por muito tempo, houve uma "indústria da guerra" alimentando a "corrida armamentista" e exigindo o constante desenvolvimento da ciência e tecnologia no campo militar. O papel da filosofia consiste, portanto, em analisar as condições em que se realizam as pesquisas científicas, investigar os fins e as prioridades a que a ciência se propõe, bem como avaliar as conseqüências das técnicas utilizadas. Resta lembrar que, no desempenho desse papel, o filósofo não tem respostas prontas, nem um saber acabado. Não caberia ao filósofo nortear, de forma onipotente, os rumos da ciência. A filosofia deve caminhar ao lado dos cientistas e dos técnicos a fim de que a abordagem específica que ela é capaz de fazer os auxilie a não perder de vista que a ciência e a técnica são apenas meios, e devem estar a serviço da humanidade.

(MARIA LÚCIA DE ARRUDA ARANHA, MARIA HELENA PIRES MARTINS - TEMAS DE
FILOSOFIA)