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Passamos agora a tratar da conturbada história daquela que seria uma das principais fontes de documentos dos Arquivos Secretos do Vaticano: a Santa Inquisição, o terror que condenou milhares de pessoas à morte em nome da preservação do catolicismo.
A imagem que ficou popularizada é a dos inquisidores com longas vestes escuras que apontavam o dedo para o acusado de algum delito, em geral bruxaria ou heresia, considerada mais grave, e que agia muitas vezes ao mesmo tempo como juiz, júri e executor.
A primeira coisa que vem à mente das pessoas é saber como uma instituição de caráter religioso acumulou tanto poder a ponto de desafiar até mesmo os reis, em uma época em que aqueles governantes se achavam com direito divino e absoluto de governar.
Para tanto, é necessário entender o papel da Inquisição desde sua concepção. Segundo o historiador Gilberto Coltrim, a Santa Inquisição foi criada para combater o sincretismo, definido como "fusão de diferentes cultos ou doutrinas religiosas, com reinterpretação de seus elementos", entre certos grupos religiosos que se valiam da adoração de plantas e animais e praticavam mancias, adivinhações por meio de algo designado pelo precedente. Essa era sua função original, já que a Inquisição, como a conhecemos, é derivada da versão medieval, mas, na verdade, existiram instituições anteriores dedicadas a tais combates.
Um fator importante é entender que, embora o termo heresia seja utilizado até hoje, ele ficou ligado à Idade Média e às ações da atual "Congregação para a doutrina da fé", o novo nome sob o qual a Santa Inquisição sobrevive até hoje. A cada dia que passa, os doutores da igreja reveem os atos de seus antepassados e admitem que "a prática inquisitorial estava errada ao punir com violência e morte de indivíduos hereges", como foi declarado pelo papa João Paulo II no artigo "Perdoai as nossas ofensas", na revista Veja Especial, de 6 de abril de 2005.
O que não se pode deixar de admitir é o fato de que a Inquisição foi e é considerada ainda como uma das instituições humanas que mais feriu os direitos humanos, principalmente o da livre escolha religiosa.

(Sérgio Pereira Couto - "Os arquivos secretos do Vaticano")